Natamycin ist als Arzneimittel für den Menschen (z.B. gegen Pilzinfektionen der Haut oder am Auge) zugelassen, aber es ist auch ein Konservierungsstoff (in der Zusatzstoffliste auch unter E235 geführt) mit antibiotischer Wirkung. Es wird seit langem für die Oberflächenbehandlung von Hartkäse, Schnitt- und halbfettem Schnittkäse und getrockneten, gepökelten Wurstwaren verwendet, darf allerdings nicht weiter als 5 mm in die Lebensmittel eindringen.
Im September 2003 hat das Bundesinstitut für Risikobewertung (BfR) in einer Stellungnahme empfohlen, die Verbraucher vorsorglich darauf hinzuweisen, die Rinden bei Käse, bzw. bei rindenlosen Käsen die äußere Schicht - etwa 5 Millimeter tief weg zu schneiden. So könne weitgehend verhindert werden, dass immer wieder unbeabsichtigt kleine Mengen Natamycin aufgenommen würden. Die Bildung von Resistenzen könnte sonst die Folge sein.
Das BfR wiederholt seine Auffassung, dass antibiotisch wirkende Stoffe, die auch als Humanarzneimittel eingesetzt werden, bei der Erzeugung von Lebensmitteln “äußerst restriktiv zu verwenden sind”.