Für gewöhnlich werden biologische Aktivitäten durch das Einwirken von Licht und Dunkel in einen 24-Stunden-Rhythmus gebracht, der auch als zirkadianer (circa=etwa; dies=Tag) Rhythmus bezeichnet wird. Erstaunlicherweise behalten manche dieser Aktivitäten oder Vorgänge innerhalb des menschlichen Körpers ihren Rhythmus bei, selbst wenn die Orientierungshilfen Helligkeit und Dunkelheit ausgeschaltet werden. Menschen, die ihre Zeit zu Versuchszwecken freiwillig in Tageslicht-losen Kammern, Kellern oder Laboratorien verbringen, weisen nach wie vor einige annähernd zirkadiane Rhythmen auf. Genau diese Hartnäckigkeit der Rhythmen ist ein starkes Argument für die innere Uhr.
Manche Rhythmen sind sogar miteinander verknüpft, wie z.B. Körpertemperatur und Schläfrigkeit: Die Schläfrigkeit ist zu dem Zeitpunkt am ausgeprägtesten, zu dem die Körpertemperatur ihren Tiefpunkt erreicht - oder kurz danach, also zwischen 2 und 6 Uhr nachts. Zwar zeigt wohl das Schlafbedürfnis einen gewissen zirkadianen Rhythmus, die Schlaftiefe aber ist davon abhängig, wie lange die wache Zeitspanne davor war, relativ unabhängig vom zirkadianen Rhythmus.