Neben den aktiv wirksamen Probiotika gibt auch so genannte Pre- oder Präbiotika – unverdauliche Lebensmittelbestandteile, die den Mikroorganismen im Darm als Nahrung dienen. Die meisten Prebiotika sind Kohlenhydrate, die im Dickdarm das Wachstum von Milchsäurebakterien, vor allem Bifidobakterien und Laktobazillen fördern. Sie passieren den Dünndarm weitestgehend unverdaut und dienen im Dickdarm den nützlichen Darmbakterien als Nahrung. So begünstigen sie indirekt durch ihre Nahrungsfunktion die Aktivität und Vermehrung der gesundheitsfördernden Mikroorganismen.
Zu den Prebiotika gehören zum Beispiel Ballaststoffe wie unverdaubare Oligosaccharide und Inulin. Oligosaccharide und Inulin kommen in pflanzlichen Lebensmitteln wie Artischocken, Chicoree, Knoblauch, Lauch, und Zwiebeln vor. Sie werden teilweise auch in Milchprodukten und anderen Lebensmitteln angeboten.
Sind in einem Produkt sowohl Probiotika als auch Prebiotika enthalten, spricht man von einem Synbiotikum. Pro- und Prebiotika ergänzen sich hier in ihren Wirkungen, den Bakterien wird die passende Nahrung gleich mitgeliefert. Synbiotika können die erwünschten Wirkungen erhöhen, dadurch aber zum Beispiel auch zu vermehrten Blähungen führen. Die Reaktionen auf die Einnahme können individuell sehr unterschiedlich sein. Wer Synbiotika zu sich nimmt, sollte auch berücksichtigen, dass manche Lebensmittel wie Chicoree oder Topinambur natürlicherweise Prebiotika enthalten und die Wirksamkeit von Probiotika daher verstärken können.